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膠原蛋白肽制備技術包括化學法、酶法、熱降解法以及這些方法的組合應用，不同技術制備的膠原蛋白肽的分子量范圍差異巨大，化學法和熱降解法多用于制備明膠，酶法則多用于制備膠原蛋白肽；膠原蛋白肽的制備方法包括：

代制備技術：化學水解法

以動物皮、骨等為原料，膠原在酸或堿性條件下水解成氨基酸和小肽，反應條件劇烈，生產過程中氨基酸受損嚴重，L-氨基酸易轉化成D-氨基酸，形成氯丙醇等有毒物質，且難以按規定的水解程度控制水解過程，該技術在膠原蛋白肽領域已經很少使用。

第二代制備技術：生物酶解法

以動物皮、骨等為原料，膠原蛋白在生物酶的催化下水解成小肽，反應條件溫和，生產過程中無有害副產物生成，但水解后的多肽分子量分布范圍廣，分子量不均。2010年前該方法在膠原蛋白肽制備領域應用較為普遍。