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酶聯免疫法通過測定樣品酶解前后果糖與蔗糖含量，進而計算得出多聚果糖含量，因試劑盒的穩定性、準確性等原因，其結果的準確性與重復性不甚理想；美國AOAC標準中制定的總果聚糖離子色譜法與分光光度法使用β-淀粉酶、普魯蘭酶、麥芽糖酶、外切菊粉酶、內切菊粉酶等多種酶酶解后測定，操作步驟復雜、結果重復性差。

多聚果糖本身成分復雜，主要是由聚合度為2～60的果聚糖組成，其中低聚果糖（聚合度為2～8）可溶于乙醇，而更高聚合度的果聚糖則屬于不溶于乙醇，因此乙醇提取并沉淀蛋白方式也不適用于乳粉類樣品中多聚果糖的測定，多聚果糖只能采用果聚酶水解的間接方法測定

多聚果糖是一種優良的水溶性膳食纖維，可以預與、降低血液膽固醇、穩定血糖水平；同時還是一種很好的“益生元”，具有調節菌群、增殖雙歧桿菌、促進鈣的吸收、促進、抗等保健功能，可減少肝臟毒素，能在腸中生成的有機酸，有的功能。多聚果糖被譽為抗生素時代后潛力的新一代添加劑——促生物質，在法國被稱為原生素（hormone maternelle）。

我國GB 14880—2012《食品營養強化劑使用標準》中規定嬰幼兒配方食品、嬰幼兒谷類輔助食品、兒童及孕產婦乳粉中多聚果糖的用量不超過64.5 g/kg。